搜索蛋白深度覆盖
高深度蛋白质组鉴定
📝 服务介绍
蛋白深度覆盖通过多级色谱分离（高pH反相+低pH nanoLC）和延长梯度（4-8h），最大化蛋白质组鉴定深度，可从单一细胞系鉴定8000-10000+蛋白。
🔬 实验原理
蛋白质作图原理：蛋白质作图(Protein Mapping/Proteogenomics)整合基因组/转录组数据和蛋白质组数据，通过定制蛋白质数据库(包含基因组注释未覆盖的ORF/可变剪接/突变位点)搜索质谱数据，发现新蛋白质/新ORF/突变肽段/可变剪接肽段。
📋 应用领域
- 蛋白质深度覆盖组学高分辨率图谱
- 极端蛋白/低丰度蛋白深度覆盖
- 蛋白修饰全景深度注释
- 超大蛋白组（蛋白质深度剖面）
- 组织/细胞蛋白组精细照片
- 深度蛋白组学驱动生物标志物发现
⭐ 服务优势
- 超高深度：8000-10000+蛋白
- 多级分离：2D-LC提高覆盖
- 长梯度：4-8小时深度分离
- 适合蛋白图谱构建
🔄 服务流程
- 蛋白提取酶切
- 高pH反相预分级（20-40个Fraction）
- 每级低压nanoLC-MS/MS（2-4h梯度）
- 合并数据搜库
- 蛋白深度覆盖分析
- 低丰度蛋白鉴定
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 样品 | 蛋白>=50ug/样本（高深度需大量蛋白） |
| 物种 | 注明物种 |
| 分析模式 | 2D-LC-MS/MS（高pH+低pH分级） |
| 梯度时间 | 4-8h长梯度 |
| 分析需求 | 蛋白图谱/低丰度蛋白/全覆盖 |
📊 结果展示
深度蛋白鉴定列表（8000-10000+蛋白）、蛋白覆盖度统计、低丰度蛋白分析及实验报告。
📦 最终交付
深度蛋白鉴定列表（8000-10000+蛋白）、蛋白覆盖度统计、低丰度蛋白分析及实验报告。
Q: 深度覆盖能鉴定多少蛋白
人源细胞系（如HEK293/HeLa）2D-LC-MS/MS长梯度可鉴定8000-10000+蛋白，覆盖人类蛋白质组的60-70%。组织样品可达6000-8000蛋白。低丰度蛋白（转录因子/激酶）鉴定率提升显著。
Q: 深度覆盖和常规定量蛋白质组有何区别
常规定量蛋白质组1D-LC-MS/MS（2h梯度）鉴定3000-5000蛋白，速度快通量高适合比较；深度覆盖2D-LC-MS/MS（8h+梯度）鉴定8000-10000+蛋白，深度高但耗时长成本高。蛋白图谱构建选深度覆盖，比较实验选常规定量。
Q: 蛋白质作图怎么做
1)基因组/转录组数据(RNA-seq/WGS)→翻译所有可能的ORF(6-frame translation)；2)构建定制蛋白质数据库(基因组6-frame翻译+已知蛋白质库+转录组组装)；3)质谱数据搜库(匹配定制数据库)；4)过滤非已知肽段(去除已知蛋白肽段)；5)验证新肽段(基因组定位/转录组表达验证)。需深度蛋白质组(高分肽段)和高质量基因组/转录组数据。
Q: 蛋白质作图能做什么
1)新基因发现(基因组未注释ORF翻译为蛋白质)；2)可变剪接验证(外显子跳跃/内含子保留翻译为蛋白质)；3)突变肽段检测(体细胞突变翻译为突变蛋白/新抗原)；4)非编码区翻译(lncRNA/pseudogene翻译小肽段)；5)蛋白质N/C端验证(翻译起始/终止位点修正)。蛋白质组+基因组整合验证基因注释。
Q: 蛋白质作图和常规蛋白质组区别
常规蛋白质组：用已知蛋白质数据库(UniProt/RefSeq)搜索质谱数据→鉴定已知蛋白质。蛋白质作图(proteogenomics)：用基因组/转录组翻译的定制数据库搜索→发现新蛋白质/新ORF/突变肽段(已知库中不存在的肽段)。蛋白质作图数据量大(6-frame翻译×3×10^9bp)搜索慢，需高计算资源。需严格过滤假阳性(FDR<1%+基因组定位验证)。
Q: 蛋白质作图需要什么数据
1)高质量基因组数据(WGS测序×30覆盖)→6-frame翻译定制数据库；2)转录组数据(RNA-seq)→转录本翻译数据库(更精简减少假阳性)；3)深度蛋白质组数据(高分肽段+多级分馏)→匹配定制数据库；4)计算资源(高性能集群,6-frame数据库搜索耗时)。建议RNA-seq+蛋白质组整合(比WGS+蛋白质组精简高效)。
Q: 蛋白质作图数据分析怎么做
1)定制数据库构建(GeneWise/TransDecoder翻译RNA-seq/6-frame)；2)质谱搜库(MaxQuant/MSFragger/Comet搜索定制数据库)；3)过滤已知肽段(只保留新肽段/变异肽段)；4)基因组定位(肽段→基因组位置/基因注释)；5)转录组验证(RNA-seq确认新ORF有转录本支持)；6)功能预测(新ORF的功能域/信号肽/亚细胞定位)。建议多组学整合验证新发现。